Maanpuolustuksen vaatimia aluetarpeita ei voida kattavasti suunnitella merialuesuunnittelussa, vaan maanpuolustuksen tarpeet aiheuttavat lähinnä vain merkittäviä reunaehtoja muille alueidenkäyttömuodoille. Puolustusvoimien lakisääteisten tehtävien toteuttaminen rajoittaa joillakin alueilla merialueiden muuta käyttöä toimintojen luonteesta, sijainnista ja ajankohdasta riippuen.
Maanpuolustuksen erityistarpeet on tunnistettu ja huomioitu EU- lainsäädännössä meristrategiadirektiivissä ja kansallisessa lainsäädännössä maankäyttö- ja rakennuslaissa. MRL:n mukaan maanpuolustuksen tarpeet tulee varmistaa ja huomioida alueidenkäytönsuunnittelussa sekä merialuesuunnittelussa.
Puolustusvoimat toteuttaa lain puolustusvoimista (551/2007) ja aluevalvontalain (755/2000) perusteella ilma- ja merivalvontaa kaikkialla Suomen valtakunnan alueella ja Suomen lähialueella. Maanpuolustus edellyttää puolustusvoimien aktiivista toimintaa merialueilla, eli merialueiden kattavaa meri- ja ilmavalvontaa. Suomenlahti ja Saaristomeren eteläosat ovat Suomen kokonaismaanpuolustuksen kannalta erittäin tärkeitä alueita.
Lisäksi merialueilla sijaitsee Puolustusvoimien suoja-alueita (18 kpl), ampuma- ja harjoitusalueita sekä niihin liittyviä vaara- ja rajoitusalueita. Maanpuolustuksen kannalta keskeistä ovat myös väylästön käytettävyys, normaaliolojen johtamisjärjestelmien tarpeet ja Puolustusvoimien vedenalaiset rakenteet. Suomen merialueilla voi lisäksi edelleen olla sodanaikaisia merimiinoja ja muita ammuksia sekä erilaisista toiminnoista peräisin olevia haitta-aineita. Nämä tulee ottaa huomioon ja tarkastella tapauskohtaisesti viimeistään yksityiskohtaisemmassa suunnittelussa.
Kun otetaan huomioon miten puolustusvoimien tarpeet on turvattu muussa meren käyttöön liittyvässä lainsäädännössä, merialuesuunnitelma ei tuota muutoksia maanpuolustuksen nykytilaan ja sitä kautta maanpuolustuksen aiheuttamiin vaikutuksiin muulle merien käytölle.