På grund av processens tidtabell, utfördes bedömningsarbetet samtidigt med färdigställandet av havsplanutkastet och beteckningskorten. Kartor, beteckningskort samt zonkort var bara i utkastskedet och under ständig bearbetning. Ideliga ändringar i centrala dokument har påverkat möjligheten att utföra bedömningen på det systematiska sätt som arbetet normalt kräver. Färdigställandet av dokumenten samtidigt med färdigställandet av bedömningsarbetet har även det medfört utmaningar med tidtabellen.
Utöver bedömningsarbetet har även arbetet med visioner och vägkartor för havsplaneringen pågått. Det har varit en utmaning i bedömningsarbetet att ta hänsyn till utvecklingen i enlighet med de målsättningar som satts upp för de marina verksamheterna under visionsarbetet. Utifrån bedömningsarbetet har det varit svårt att fastställa, hur mycket havsplanen i sig påverkar möjligheten att uppnå målen för branscherna och å andra sidan, vilken roll övriga samhälls- och ekonomiutvecklingen har de kommande åren.